La Federación Ecuatoriana de Fútbol es dirigida actualmente por Francisco Egas, quien ganó las elecciones a inicios del 2019 en un mandato que prometía una renovación real dentro de la FEF. Sin embargo, esto solo se vio en novedades como un nuevo escudo para la Selección Ecuatoriana, pero en la gestión pocas novedades se presentaron.
Además, poco después de asumir el cargo, Egas fue destituido tras una reunión del Comité Ejecutivo de la organización. En aquel momento, Francisco Egas no aceptó la decisión y llegó a emprender acciones contra la Conmebol, que dio un plazo a la FEF para presentar documentos antes de realizar los cambios.
La salida de Francisco Egas se justificó por la «grave crisis institucional provocada por el gobierno unilateral de Egas, que ha actuado permanentemente al margen de las normas estatutarias y de las decisiones adoptadas».
Cuando asumió el cargo, Francisco Egas optó por un cambio en el cuerpo técnico. Así, Jordi Cruyff, nacido en Holanda y de nacionalidad española, hijo del legendario Johan Cruyff, tomó las riendas de la selección de Ecuador.

Cruyff ni siquiera dirigió al equipo en partidos oficiales. Con la destitución de Francisco Egas, la Federación Ecuatoriana de Fútbol pasó a manos de Jaime Estrada Medranda, entonces vicepresidente de la FEF.
Francisco Egas sigue al frente del fútbol ecuatoriano
El cambio no se mantuvo por mucho tiempo y Francisco Egas sigue en el cargo. En 2022 fue reelegido para un período válido hasta 2027.
El nació en Quito y siempre se ha dedicado a la gestión futbolística. Además de presidente de la FEF, Chiquito también es vicepresidente de Conembol, tras ser elegido para el cargo en 2023.